23 лютого 1919 року Кубанської Радою разом з іншою державною символікою затверджено трисмуговий синьо-малиново-зелений державний прапор. Ширина двох його крайніх смуг дорівнювала ширині середньої смуги (кожна крайня — 1/4 ширини прапора, середня — 1/2). Є версія, що допускалося використання прапора, в якому ширина кожної крайньої смуги дорівнювала 1/3 ширини середньої (кожна крайня — 1/5 ширини прапора, середня — 3/5), або ж прапора, де всі три смуги були рівновеликими, однак офіційних даних про такі модифікації прапора немає.

Прапор Краснодарського краю затверджено 5 травня 1995 року законом Краснодарського краю № 5-КЗ, яким встановлено такий опис прапора:

«Прапор Краснодарського краю є прямокутним полотнищем з трьох різновеликих горизонтальних смуг: верхньої — синього, середньої — малинового і нижньої — зеленого кольору. Ширина двох крайніх смуг дорівнює ширині малинової смуги. У центрі прапора розташований  герб Краснодарського краю , виконаний в одноколірному варіанті – золотим кольором. Відношення ширини прапора та його довжини – 2:3».

28 червня 2004 року, законом Краснодарського краю № 730-КЗ, змінено вигляд герба краю: додалася княжа  корона , . Відповідні зміни зроблено і на прапорі, а також незначно змінено опис прапора:

Кольори прапора Краснодарського Краю повторюють кольори  прапора Кубанської Народної Республіки (Великої Кубані)  , який вважається національним прапором  Кубанських козаків .

Символізм кольорів прапора Великої Кубані знизу вверх:

ЗЕЛЕНИЙ колір символізує—розвиток, розум, дорослішання, молодість, це колір весни, природи, надії та нового життя. 

Зелена смуга - внизу символізує початкове, корінне, автохтонне населення Кубані — горців-мусульман та  адигів, що мирно співіснують з козаками-християнами.

МАЛИНОВИЙ колір символізує хоробрість, мужність, лицарство, шляхетність, відвагу, перемогу, добропорядність, велич і справедливу кров, пролиту в боротьбі за рідну землю.

Водночас малинова смуга в центрі («стовбур») символізувала «центральне», державостворче населення Кубані — козаків-чорноморців, нащадків запорожців, 

СИНІЙ колір символізує—  Мирне небо, Божу силу. Водночас синій колір — це колір  Волі та Свободи кубанського народу, вод Чорного моря та ріки Кубані.

Синя смуга зверху символізує «пізніше» населення Кубані, яке формувалося на «кореневій» й «стовбуровій» основі. Все разом було єдиним цілим — «народом Кубані», утворюючи Велику Кубанську державу, заслуга Це колір козаків-лінійців, спадкоємців донцських козаків.